icionographie : genomic
"On vient de décoder entièrement le génome de la poule. Il suffit désormais de décoder celui de l'œuf pour savoir qui est arrivé en premier." Guerre et plaies - Hervé Le Tellier
Dans le but de mettre en valeur l'année 2022, mon choix s'est porté sur un article d'une collaboration internationale notamment portée par le Pr TREGOUET, membre du réseau INNOVTE.
A noter la présence de plusieurs membres d'INNOVTE , le réseau permet ces travaux,
ce qui montre le dynamisme de la recherche clinique mais également fondamentale dans le domaine de la maladie thromboembolique veineuse.
Simon Soudet ,Centre Hospitalier Universitaire d'Amiens | CHU Amiens · Service de Médecine Vasculaire, Doctor of Medicine , Vascular Medicine
Préambule
Les prédicteurs génomiques sont des variables qui peuvent être utilisées pour faire des prédictions sur la constitution génétique d'un individu ou sa susceptibilité à certaines maladies en fonction de sa séquence d'ADN. Ces prédicteurs peuvent inclure des polymorphismes mononucléotidiques (SNP), des niveaux d'expression génique et des variations du nombre de copies (CNV). Ils peuvent également être utilisés pour prédire la réponse d'un individu à certains médicaments ou traitements. Ces prédictions sont généralement faites à l'aide d'algorithmes d'apprentissage automatique qui analysent les données génétiques ainsi que d'autres informations cliniques pertinentes.
Thibord F, Klarin D, Brody JA, Chen MH, Levin MG, Chasman DI, Goode EL, Hveem K, Teder-Laving M, Martinez-Perez A, Aïssi D, Daian-Bacq D, Ito K, Natarajan P, Lutsey PL, Nadkarni GN, de Vries PS, Cuellar-Partida G, Wolford BN, Pattee JW, Kooperberg C, Braekkan SK, Li-Gao R, Saut N, Sept C, Germain M, Judy RL, Wiggins KL, Ko D, O'Donnell CJ, Taylor KD, Giulianini F, De Andrade M, Nøst TH, Boland A, Empana JP, Koyama S, Gilliland T, Do R, Huffman JE, Wang X, Zhou W, Manuel Soria J, Carlos Souto J, Pankratz N, Haessler J, Hindberg K, Rosendaal FR, Turman C, Olaso R, Kember RL, Bartz TM, Lynch JA, Heckbert SR, Armasu SM, Brumpton B, Smadja DM, Jouven X, Komuro I, Clapham KR, Loos RJF, Willer CJ, Sabater-Lleal M, Pankow JS, Reiner AP, Morelli VM, Ridker PM, Vlieg AVH, Deleuze JF, Kraft P, Rader DJ; Global Biobank Meta-Analysis Initiative; Estonian Biobank Research Team; 23andMe Research Team; Biobank Japan; CHARGE Hemostasis Working Group; Min Lee K, Psaty BM, Heidi Skogholt A, Emmerich J, Suchon P, Rich SS, Vy HMT, Tang W, Jackson RD, Hansen JB, Morange PE, Kabrhel C, Trégouët DA, Damrauer SM, Johnson AD, Smith NL. Cross-Ancestry Investigation of Venous Thromboembolism Genomic Predictors. Circulation. 2022 Oct 18;146(16):1225-1242. doi: 10.1161/CIRCULATIONAHA.122.059675. Epub 2022 Sep 26. PMID: 36154123
Enquête inter-ascendance sur les prédicteurs génomiques de la thromboembolie veineuse
https://www.ahajournals.org/doi/epub/10.1161/CIRCULATIONAHA.122.059675
Thibord F, Klarin D, Brody JA, Chen MH, Levin MG, Chasman DI, Goode EL, Hveem K, Teder-Laving M, Martinez-Perez A, Aïssi D, Daian-Bacq D, Ito K, Natarajan P, Lutsey PL, Nadkarni GN, de Vries PS, Cuellar-Partida G, Wolford BN, Pattee JW, Kooperberg C, Braekkan SK, Li-Gao R, Saut N, Sept C, Germain M, Judy RL, Wiggins KL, Ko D, O'Donnell CJ, Taylor KD, Giulianini F, De Andrade M, Nøst TH, Boland A, Empana JP, Koyama S, Gilliland T, Do R, Huffman JE, Wang X, Zhou W, Manuel Soria J, Carlos Souto J, Pankratz N, Haessler J, Hindberg K, Rosendaal FR, Turman C, Olaso R, Kember RL, Bartz TM, Lynch JA, Heckbert SR, Armasu SM, Brumpton B, Smadja DM, Jouven X, Komuro I, Clapham KR, Loos RJF, Willer CJ, Sabater-Lleal M, Pankow JS, Reiner AP, Morelli VM, Ridker PM, Vlieg AVH, Deleuze JF, Kraft P, Rader DJ; Global Biobank Meta-Analysis Initiative; Estonian Biobank Research Team; 23andMe Research Team; Biobank Japan; CHARGE Hemostasis Working Group; Min Lee K, Psaty BM, Heidi Skogholt A, Emmerich J, Suchon P, Rich SS, Vy HMT, Tang W, Jackson RD, Hansen JB, Morange PE, Kabrhel C, Trégouët DA, Damrauer SM, Johnson AD, Smith NL. Cross-Ancestry Investigation of Venous Thromboembolism Genomic Predictors. Circulation. 2022 Oct 18;146(16):1225-1242. doi: 10.1161/CIRCULATIONAHA.122.059675. Epub 2022 Sep 26. PMID: 36154123
Enquête inter-ascendance sur les prédicteurs génomiques de la thromboembolie veineuse
https://www.ahajournals.org/doi/epub/10.1161/CIRCULATIONAHA.122.059675
Introduction :
La maladie veineuse thrombo-embolique est causée par des phénomènes environnementaux mais
également d'origine génétique constitutionnelle. Dans une étude précédente, une étude sur génome
entier avait permis de mettre en évidence 40 loci avec une relation avec le risque de MTEV, sur 40
000 patients avec des gènes non connus pour leur association avec la MTEV. Cette nouvelle étude
avait pour but de confirmer cette relation.
Méthodes :
Les auteurs ont réalisé 81 669 analyses de génomes entiers regroupant 30 études. Ils ont aussi
réalisé une étude de réplication dans une nouvelle population et réalisé des scores de prédiction de
relation mutation/risque thrombotique.
Résultats :
L'analyse des génomes entiers a inclus 55 330 patients présentant une maladie thromboembolique
veineuse (47822 d'origine européenne, 6320 d'origine Africaine et 1188 d'origine hispanique). Les
auteurs ont identifié 48 nouvelles associations. Dans l'analyse combinée avec réplication sur 81669
patients atteints de MTEV 44 nouvelles associations ont été trouvées.
Au total, sur l'ensemble des analyses, 135 localisations génétiques ont été trouvées avec un lien
significatif avec la MTEV.
En prenant en compte la population d'origine européenne, un score de risque génétique a été
constitué pouvant aller pour les 1% de score les plus élevés à un risque de MTEV de plus de 6 fois
comparativement aux patients ayant des scores de risque génétique moyen.
L'analyse de fonction de ces découvertes a permis de mettre en évidence une participation
importante de gènes participants à la fonction plaquettaire. De nombreux loci sont situés sur des
gènes dont le rôle n'est pas encore connu pour l'hémostase ou la thrombose.
Conclusion
Cette très large étude de génomes entiers (GWAS) est le résultat d'une collaboration internationale
avec des techniques d'analyse génétique de pointe.
Son premier intérêt est de montrer de nouveaux liens entre génétique constitutionnelle et risque
thrombotique qui pourront peut-être dans le futur servir à mieux cerner le risque thrombotique
individuel sur des scores de risque génétique composite (probablement associé aux données
cliniques, de séquelles thrombotiques). Le bilan de thrombophilie constitutionnelle est souvent pris
en défaut, espérons que de telles études amèneront des progrès afin de mieux cerner le risque
thrombotique et in fine de mieux traiter nos patients atteints de MTEV.
Le second intérêt est qu'à partir d'une étude d'association génétique, de nouvelles pistes
physiopathologiques sont ouvertes. Le rôle des plaquettes dans la MTEV est connu, mais cette
étude y porte un nouvel éclairage. Plusieurs mutations trouvées ici n'ont pas d'explication
physiopathologique à ce jour ,mais ouvrent vers de nombreuses recherches novatrices.
CONCLUSIONS
Our cross-ancestry GWAS meta-analyses identified new loci associated with VTE.
Les résultats mettent en évidence de nouvelles voies vers la thrombose et fournir de nouvelles molécules qui peuvent être utiles dans le développement de traitements antithrombose
Les résultats de cette étude peuvent aider à comprendre la biologie sous-jacente de la MTEV et pourraient également être utilisés pour développer de nouveaux outils de diagnostic ou des traitements pour la maladie.
MERCI Simon et bonne année 2023